그러나 문 총장은 검찰의 일부 권한들에 경찰이 개입하는 것에 강한 불만을 드러내었다.

먼저 경찰이 구속절차에 개입하는것에 대해선 노골적인 불만을 표시했다. 문 총장은 "사법기관도 아닌 경찰이 이것에 개입하는 것은 식민지 잔재에 불과하고, 50년 이상 검사의 영역으로 지속해 온 영장심사 제도는 유지돼야 한다. 현대 민주국가라고 불릴 수 있는 국가에서 경찰이 구속절차에 관여하는 나라는 우리나라가 유일하다"며 이를 인정할 수 없음을 밝혔다.

또한 경찰의 정보수집기능에도 불만을 드러내었다. 문 총장은 "경찰이 동향 정보나 정책 정보라는 이름으로 정보를 수집하는 건 민주국가에 있을수 없으며 동향정보라는 이름으로 사찰을 하는 것은 위법"이라고 지적했다. 그래서 "이를 위해 검찰은 정보 수집 파트와, 정보를 검증하는 파트, 정보를 통해 수사를 실시하는 파트 등을 나누어 효율적으로 관리하는 방안에 고민하고 있다"며 경찰의 수사권 개입을 견제했다.

또한 동부구치소에 수감된 이명박 전 대통령의 구속연장에 관해선 "이 전 대통령에 대한 조사를 계속 시도하고 있는 중이고 구치소를 계속 찾아보고 조사협조에 대해 좀 더 설득하는 과정이 먼저 필요하다"고 말했다.