정부는 조현민 전 대한항공 전무가 미국인인 신분으로 진에어의 등기임원을 맡았던 것이 불법적인 사실이 드러나자 대대적인 감사를 지시한 바 있다.

현재 국토부는 항공사업법과 항공안전법에 따라 '대한민국 국민이 아닌 사람이 등기이사직을 수행할 경우 면허 취소 사유가 된다'고 명시되어 있기에 이는 큰 문제 사유가 된다고 밝혔다.

또한 외국인을 등기임원으로 선임했을 때 국토교통부 장관은 해당 항공사를 대상으로 면허 또는 등록을 취소할 수 있다고 항공사업법은 규정하고 있다.

김현미 국토부장관은 "그간 이런일을 몰랐다는건 말이 안된다"면서 국토부내에서 공무원들이 봐주기 행정을 하는것 아니냐는 의심을 품고 강도높게 내부감사에 들어간것으로 알려졌다. 김 장관의 이런 입장은 지난 땅콩회항 사태에도 불거졌던 국토부 내 대한항공 출신들의 입김이 진에어 허가에도 작용했다는 전례가 있기에 이를 원천적으로 들여다 보겠다는 뜻으로 풀이될수 있다.

진에어는 2008년 1월 23일 대한항공의 자회사 격으로 출범한 저가 항공사로 국내와 아시아 노선을 위주로 한 단거리 노선 영업을 해왔다. 진에어는 지난해 매출 8884억원, 영업이익 970억원을 기록하며 매년 좋은 영업 성과를 내고 있다. 만약 이번 면허취소가 결정된다면 진에어가 야심차게 추진했던 신규 항공기 구매, 동유럽 노선 확장등의 계획이 물거품이 될 전망이다.