그리고 국가가 이들에 대해 대체복무제도를 마련하지 않은 점에 대해서는 재판관 7명이 헌법불합치 의견을 냈고 2명이 합헌의견을 내어 대체복무제도 마련에 대한 필요성을 제기했다. 헌재는 판결을 내리며 "양심적 병역거부자에 대한 대체복무제를 규정하지 않은 병역종류조항은 과잉금지원칙에 위배해 양심적 병역거부자의 양심의 자유를 침해한다. 이미 지난 2004년에 국가안보 공익 실현을 확보하면서도 병역거부자의 양심을 보호할 수 있는 대안이 있는지 검토할 것을 권고했는데 14년이 지나도록 입법적 진전이 이뤄지지 못했다"고 밝히며 "정부는 내년 12월 31일까지 반드시 이들에 대한 대체복무제도를 만들것"을 명했다.

이어 "국가는 이 문제를 더 이상 미룰 수 없으며 대체복무제를 도입함으로써 병역종류 조항으로 인한 기본권 침해 상황을 제거할 의무가 있다"고 밝혔다.

헌재의 이번 판결로 인해 앞으로 양심적 병역거부자들에 대한 대체 복무 마련에 사회적 논의와 진통이 한동안 계속 진행될것으로 예상된다.