또한 은행 공통 앱 뱅크페이 시스템에서 특정 금융사 앱 결제가 되지않는 오류가 발생되고 일부 앱은 타임아웃 오류가 지속발생된다는 모 언론사가 문제를 제기하기도 했다.

다만 중기부 관계자는 "시범서비스 과정에서 나타난 소비자 및 가맹점의 불편사항 등에 대한 보완을 추진하고 있으며 본사업은 이러한 보완사항을 보아가며 실시할 계획"이라고 밝혔다.

이어 "뱅크페이 공동앱 사용 20개 금융회사, 자체앱 활용 10개 금융회사, 민간결제사업자 4개 모두 오류 없이 정상적으로 서비스가 이루어지고 있다"고 덧붙였다.

중기부는 제로페이 시스템 운영기관인 금융결제원에서 지속적으로 모니터링하고 있으며 현재까지 오류는 없었으나 다만 시스템의 오류가 아닌 특정사업자 앱에서 취소거래 안내메시지가 발송되지 않는 문제는 해당 사업자가 앱을 개선했다고 밝혔다.

중기부 관계자는 "정부는 시범서비스를 통해 발견된 조그마한 문제도 바로잡아 소비자와 가맹점이 제로페이를 활용하는데 불편이 없도록 최선을 다해 준비해 나갈 계획"이라고 말했다.