인수위의 정부조직개편안에 따른 농촌진흥청에 폐지로 농민들이 크게 반발하자 인수위가 그에 따른 후속 대책을 마련했다.

먼저 농민단체들은 농진청이 정부출연 연구기관으로 바뀌면 상업성이 없는 기초 기술 및 농업인을 위한 현장연구가 소홀해지고, 농업인들의 로열티 부담이 가중될 것으로 우려하고 있다.

이에 대해 인수위는 농림분야 R&D 예산은 '12년까지 농림 예산의 7% 수준으로 확대하여 기초·원천 기술에 대한 투자를 강화하기로 했다고 밝혔다.

또한 출연 연구기관으로 개편되어도 연구비는 재정에서 계속 지원할 것이라 설명했다. 단, 상업성이 없는 기초기술, 품목별 연구과제 등은 출연연구기관에 위탁하도록 제도화하여 안정적인 연구 수행이 가능하도록 할 계획이다. 그리고 출연연구기관에 농업인에 대한 기술보급 의무를 부과하고, 출연연구기관이 새로 개발한 품종은 현재와 같이 로얄티 부담없이 농가에 보급하기로 했다.

농민단체들이 우려하는 두 번째는 기술지원 서비스 약화다. 농촌진흥청이 출연연구기관으로 전환되면 도 농업기술원과 시·군 농업기술센터가 위축되어 현장 농업인들에 대한 기술지원 서비스가 약화될 것을 우려하고 있는 것이다.

이에 인수위는 농수산식품부에 기술정책 관련 조직을 신설해 농촌진흥청에서 수행하는 연구개발 및 기술지도 관련 정책기능을 흡수·강화하고, 올 상반기에 농수산식품부에 기술정책관련 조직신설, 인력배치 등의 방안을 마련할 계획이라고 덧붙였다. 또한 도 농업기술원과 시·군 농업기술센터 등 지자체의 농업기술 연구 및 지도를 담당하는 조직은 농업인의 서비스 지원에 차질 없도록 현행대로 유지키로 했다.

또한 그동안 농촌진흥청 소관 농민단체들이 농촌진흥청으로부터 받아왔던 재정지원 감소를 우려하는 데 대해 농촌지도자중앙연합회, 생활개선중앙회, 한국4-H 등 농촌진흥청 소관 농민단체에 대해서는 신설될 농수산식품부에서 계속 지원할 계획이라 밝혔다.