1936년생인 자니윤은 충북 음성에서 태어났다. 그는 60년대 초반 미국 유학길에 올라 오하이오 웨슬리언대학교 성악과를 졸업하고, 1964년부터 자신만의 스탠드업 코미디를 개발했다.

1977년에는 산타모니카 코미디클럽에서 당시 최고의 코미디쇼였던 ‘자니 카슨의 더 투나잇쇼’의 MC 자니카슨의 눈에 들었고, 이후 자니윤은 한 달에 한 번 고정출연 기회를 얻어 1980년까지 총 34회 출연했다. 자니윤은 당시 동양인 최초로 이 프로그램에 등장했고, 그는 시청자들에게 강한 인상을 남기며 인기를 얻었다.

이후 한국에서는 1989년부터 1990년까지 ‘자니윤쇼’를 진행하며 인기 반열에 올랐다. 자니윤쇼는 한국 공중파에서 처음 선보인 미국식 대담형 토크쇼였다. 이후 ‘주병진쇼’, ‘서세원쇼’, ‘이홍렬쇼’ 등 코미디언의 이름을 딴 토크쇼가 생겨나는 데 큰 역할을 했다고 평가받는다.

2014년부터는 박근혜 정부 당시 한국관광공사 감사로 임명돼 활동했다. 그러나 2014년 임기 종료를 앞두고 뇌출혈로 입원했고, 이후 다시 미국으로 가 치료와 요양 생활을 했다.

말년에는 알츠하이머를 판정받고 LA의 요양시설인 헌팅턴 양로센터에서 보냈다.

장례는 가족장으로 간소하게 치러질 예정이며, 시신은 평소 고인의 뜻에 따라 캘리포니아대학 어바인 메디컬센터에 기증할 것으로 알려졌다.