농림수산식품부는 새 정부 출범 이후 화해와 관용의 정신으로 사회통합과 국민 대화합의 전기를 마련하여 선진한국 창조에 동참하고 초고유가 시대에 실의와 어려움을 겪고 있는 어업인들의 사기진작과 심기일전하여 수산업 발전에 재도약할 수 있는 기회를 부여하기 위하여 '95.12월 일반사면 이후 수산관계법령 위반으로 사법처분을 받은 6만여명에 대하여 8.15 광복 63주년을 맞이하여 전과기록을 삭제하는 형선고실효 특별사면에 포함시켜 줄 것을 법무부에 건의하였다.

이에 대해 법무부는 이번 8.15 광복 63주년과 건국 60주년을 맞아 “화합과 동반의 시대”를 열기 위한 34만여명을 대규모 사면조치를 단행하면서 수산관계법령 위반으로 과거 사법처분을 받은 어업인에 대한 전과기록 삭제를 위한 특별사면은 반영되지 않았으나, 지난 6. 4자로 실시한 자동차운전면허 제재 특별감면조치에서 제외되었던 총톤수 30톤미만 선박을 운항하는 생계형 소형선박조종사 500명에 대하여 시험 응시 결격기간을 해제, 곧바로 면허시험에 응시토록 함으로써 영세 어업인들의 생활안정을 도모하는 특별감면조치를 하였다.

농림수산식품부 관계자는 수산관계법령 위반자는 수산업 특성상 어업인들이 경쟁조업 과정에서 발생되고 위법행위가 바다에서 어로활동에 한정되며 일반 법률과 달리 어업중에 행한 단순위반으로 전과자가 양산되었다며, 국민 대화합 차원에서 범법자 굴레에서 벗어나 정상적으로 사회활동이 가능하도록 하는 특별사면 등 특별한 배려가 필요하다고 강조하면서 앞으로 관계부처와 적극 협의하여 과거 수산관계법령 위반으로 사법처분이 이미 종료된 어업인들에 대한 전과기록 삭제를 위한 형선고실효 특별사면을 추진할 계획이라고 말하면서 수협중앙회 등 어민단체에서 주체가 되어 국회, 정부 관계부처에 특별사면 필요성에 대한 건의 등 보다 적극적인 노력이 필요하다고 밝혔다.

이와 함께 농림수산식품부는 수산업법 제94조부터 제96조까지 어느 하나에 해당하는 위반행위를 하면 행위자를 처벌하는 외에 그 법인 또는 사업주에게도 해당 조문의 벌금형을 처벌하도록 양벌규정을 두고 있으나 법인 또는 사업주가 그 위반행위를 방지하기 위해 상당한 주의와 감독을 다한 경우에는 법인 또는 사업주에 대해서는 처벌을 하지 않도록 하는 양벌규정을 개정 추진중에 있다.