또한 이명박 정부 임기 말에는 미군기지 환경오염 정화기준에서 유류로 인한 토양오염처리기준(TPH)이 삭제된 것으로 드러났다. 환경부의 ‘주한미군 환경관리기준 개정 경과 및 주요내용’에 따르면 2012년 6월 주한미군 환경관리기준이 개정되면서 한미양측의 합의로 기준이 삭제된 것을 알 수 있다. 즉, 미군의 요청에 따라 기준이 삭제되면서 외교와 정부당국의 무능이 도마에 올랐다.

박근혜 정부 또한 환경주권에 손 놓고 있는 안일한 태도를 보이며 뭇매를 맞았다. 주한미군이 2009년에서 2015년까지 서울 용산과 오산기지에서 탄저균 실험을 한 것으로 나타났지만 정부는 대응은 커녕 몇 년간 탄저균 반입 사실도 파악하지 못했던 것으로 드러났다.

탄저균은 생물학 무기로 사용될 수 있는 세균으로 인체에 흡수될 경우 엄청난 치사율을 보이는 극독물질이다. 그렇기때문에 미국에서는 사람이 살지않는 사막에서 탄저균 실험을 진행한다. 이러한 유해물질실험이 한반도에서 마구잡이식으로 진행되고 있다는 사실을 정부는 전혀 인지하지 못하고 있었다. 전적으로 주한미군이 제공한 자료에만 의존하여 조사해 미군의 은폐에도 속수무책 당하기만 하는 꼴이다. 탄저균 실험이 알려진 이후 대응책조차도 미지근해 여론의 불신은 커져만 가고 있다. 미군에 대한 항의와 유감표시도 하지않는 상황을 국민은 어떻게 받아들여야할까. 시민사회단체들은 “시민들은 미군으로부터 안전하지않은 환경에 놓여있다”며 개탄했고 ”정부는 사과와 재발방지를 촉구할 것”을 주장했다.

이 밖에 미군기지 환경오염 정화비용도 한국이 부담하는 것으로 나타났다. 2015년 동두천 캠프와 부산 미군폐품처리장 기지를 반환하면서 환경오염정화비용을 한국이 부담하기로 한미양국이 체결해 논란이 일었다. 동두천 캠프는 유류오염이 그 어느 곳보다 심각하며 부산 미군폐품처리장도 미군 차량과 군 장비 등에서 나오는 특수 폐기물을 처리하는 곳으로 유류와 중금속 등 유해물질이 상당한 것으로 알려져있다. 기준치의 85배를 넘어서며 정화비용도 만만치 않을 터, 환경부의 부실대응에 환경단체의 반발이 일었다. 정화비용의 덤태기 부담은 이번 뿐만이 아니다. 2010년에도 미군기지 정화비용을 놓고 미군 측과 입장 차를 좁히지 못한 가운데 부산시가 약 143억원을 부담한 바 있다.

한편, 미군은 전 세계 700여개 기지에 주둔하며 주둔군지위협정(SOFA)을 내세워 환경오염이나 건강 피해 보상에 책임지지 않고있다.